明確了工程項目中需要移交非水利行業(yè)管理的工程，竣工驗收工作宜同時參照相關行業(yè)主管部門的有關規(guī)定進行。一般情況下以有利于工程順利移交為原則。

對于分部工程驗收，明確了驗收程序，將驗收成果性文件《分部工程驗收簽證》改為《分部工程驗收鑒定書》，與其他驗收成果性文件名稱統(tǒng)一。

對于單位工程驗收，明確單位工程投入使用驗收主要由項目法人主持。在老規(guī)程驗收主要工作的基礎上，明確了單位工程的驗收程序。

新增《合同工程完工驗收》章節(jié)，既注意與合同管理以及現行行業(yè)施工合同示范文本基本一致，同時又注意與正在修編的《水利水電工程施工合同和招標文件示范文本》相銜接。

對于階段驗收，將老規(guī)程《截流前驗收》改為《樞紐工程導（截）流驗收》，《蓄引水驗收》調整為《水庫下閘蓄水驗收》和《引（調）排水工程通水驗收》兩章節(jié)，《機組啟動驗收》改為《水電站（泵站）機組啟動驗收》，并對于啟動驗收的組織形式進行了重大調整。增加《部分工程投入使用驗收》，解決水利水電工程項目由于工期拖延或部分工程建設內容無法實施，影響工程項目中已經建成的部分工程及時驗收發(fā)揮效益等問題。

新增《專項驗收》章節(jié)，明確專項驗收的重要性以及與竣工驗收的關系，相關專項驗收管理規(guī)定在驗收中的實施。

對于竣工驗收，取消老規(guī)程中驗收責任不夠明確的“初步驗收”。新增《竣工驗收自查》章節(jié)，進一步落實和強化工程參建單位的建設責任。新增《工程質量抽樣檢測》章節(jié)，規(guī)范工程竣工驗收時質量抽檢行為。新增《竣工技術預驗收》章節(jié)，進一步明確竣工驗收主持單位組織的竣工預驗收專家組在工程竣工驗收環(huán)節(jié)的關鍵作用和重要責任。對于**以及行政主管部門最終組織的竣工驗收則簡化了工作程序。將老規(guī)程中關于竣工驗收應在全部工程完建后3個月內進行的規(guī)定，改為竣工驗收應當在工程建設項目全部完成并滿足一定運行條件后1年內進行，同時明確了不同的工程項目相應的“一定運行條件”的具體內容，為進一步保證竣工驗收工作的質量，減少竣工驗收時的驗收遺留問題創(chuàng)造了條件。

新增《工程移交及遺留問題處理》章節(jié)，規(guī)范施工單位與項目法人之間的工程交接，項目法人與工程運行管理單位之間的工程移交行為。明確了驗收遺留問題處理責任單位以及處理程序。規(guī)范了施工單位與項目法人之間有關工程質量保修責任終止程序。提出了竣工驗收主持單位頒發(fā)“工程竣工驗收證書”這樣一種新的管理方式，閉合管理環(huán)節(jié)，規(guī)范了**對水利水電工程建設項目管理，對于工程建設項目參建單位的建設責任履行情況以及建設業(yè)績有了明確表達方式。

在老規(guī)程原有7個附錄基礎上，修改并增加到23個附錄，進一步增強了規(guī)程的可操作性，滿足不同層面管理者的需要。